Tengo varios programas que me permiten la transcodificación de formatos, tanto en video como en audio, pero el que más utilizo sin dudas para todo es Format Factory. Permite tanto en video, como en audio y en foto diferentes calidades de entrada y de salida. Lo que no me gusta es la forma de seleccionar los paths de entrada y salida, pero el resto está genial. En audio convierte desde un montón de formatos a MP3, eligiendo bit rates y calidad, y viceversa.
Saludos